Câu 1: Đọc mẫu tin dưới đây và trả lời các câu hỏi:

human granulocyte-colony stimulating factor [Homo sapiens]
LOCUS AAA03056 186 aa linear PRI 27-APR-1993
DEFINITION human granulocyte-colony stimulating factor, partial [Homo
sapiens].
ACCESSION AAA03056
VERSION AAA03056.1 GI:183045
DBSOURCE locus HUMGCSFB accession M13008.1
KEYWORDS .
SOURCE Homo sapiens (human)
ORGANISM Homo sapiens
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE 1 (residues 1 to 186)
AUTHORS Souza,L.M., Boone,T.C., Gabrilove,J., Lai,P.H., Zsebo,K.M.,
Murdock,D.C., Chazin,V.R., Bruszewski,J., Lu,H., Chen,K.K. et al.
TITLE Recombinant human granulocyte colony-stimulating factor: effects on
normal and leukemic myeloid cells
JOURNAL Science 232 (4746), 61-65 (1986)
PUBMED 2420009
COMMENT Method: conceptual translation.
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..186
/organism="Homo sapiens"
/db_xref="taxon:9606"
Protein 1..186
/name="human granulocyte-colony stimulating factor"
sig_peptide <1..12
/note="human granulocyte-colony stimulating factor signal
peptide"
mat_peptide 13..186
/product="human granulocyte-colony stimulating factor
mature peptide"
Region 33..181
/region_name="IL6"
/note="Interleukin-6/G-CSF/MGF family; cl02473"
/db_xref="CDD:141448"
CDS 1..186
/gene="CSF1"
/coded_by="M13008.1:<1..561"
ORIGIN
1 lwhsalwtvq eatplgpass lpqsfllkcl eqvrkiqgdg aalqeklcat yklchpeelv
61 llghslgipw aplsscpsqa lqlagclsql hsglflyqgl lqalegispe lgptldtlql
121 dvadfattiw qqmeelgmap alqptqgamp afasafqrra ggvlvashlq sflevsyrvl
181 rhlaqp
//

a. Đây là mẫu tin về loại trình tự nào? Tên trình tự ?
b. Cho biết mã số Accession, GI của trình tự, số lần cập nhật, chiều dài trình tự và trình tự này thuộc loài nào?
c. Cho biết vị trí của đoạn trình tự mã hóa cho trình tự tín hiệu “signal peptide”?

Câu 2:
Trong cơ sở dữ liệu PUBMED, bạn hãy cho biết từ khóa sử dụng để tìm tất cả bài báo viết về H1N1 được đăng tải trong năm 2011 của tác giả Smith?

Câu 3:
Một domain bảo tồn có trình tự như sau: [STAVD]-T-R-Y-[FYEW]-D-x(3)-L-[EDS]-[CA]. Trình tự protein nào sau đây thuộc họ protein trên:
a. STRYFDEWLEC
b. TTYYYDVDTLDA
c. ATRYEDVSTLEC
d. VTRYWDEDDVLDA

Câu 4:
Cho kết quả BLAST sau:
[img][/img]

Cho biết giá trị Identities, Positives, Gaps của kết quả trên (ghi theo dạng …./….(…%))

Câu 5:
Hãy cho biết, trong phản ứng PCR, yếu tố nào quyết định thời gian của bước kéo dài?

Câu 6:
Dùng chương trình Annhyb tìm trình tự protein P1 trong bộ gen của virus V. Biết rằng protein P1 có chiều dài 168aa, trình tự bộ gen của virus V được lưu trong file DNA1 trong thư mục D:\Bioinformatics\Sequences

Câu 7:
Hãy vẽ cây phát sinh loài các trình tự trong tập tin protein4_2 trong thư mục D:\Bioinformatics\Sequences và cho biết trình tự nào có khoảng cách tiến hóa gần với trình tự gi|116324|sp|P27054|CHI4_PHAVU nhất. Lưu kết quả vẽ cây phát sinh loài vào thư mục MSSV với tên protein4_2.ph.

Câu 8:
Vẽ bản đồ plasmid PlasN với các thông tin sau:
Gọi x là 2 chữ số cuối trong mã số sinh viên (ví dụ MSSV là 0918123, thì x sẽ có giá trị là x=23)
- Plasmid có chiều dài 7000+x
- Ori nằm tại ví trí 100+x và dài 150bp
- Gen kháng ampicilin nằm ngay phía sau Ori và dài 800pb
- Gen kháng Tetracilin nằm ở vị trí 2000+x và dài 1000pb, và có vị trí cắt giới hạn của enzyme EcoRI tại vị trí 2500
- Multi cloning site từ vị trí 5000 đến 5200 và mang các enzyme cắt giới hạn sau: BamHI(5050), XhoI(5188)
Lưu bản đồ plasmid PlasN vào file PlasN vào thư mục mang tên mã số sinh viên

chết rùi, câu 3 quên cách đọc rồi. ai chỉ với
còn Identitive , Positive là sao vậy
hú hú

positives = L-X/L (%)
với L là Lq, X là số điểm không bắt cặp + . ( số điểm không bắt cặp thôi chứ không tính cả điểm gap nhé )
identities = L-D/L
D = X + Gap

Trong dấu [...] là một trong các aa đó, tức là chỉ có 1 vị trí cho aa
Trong x(3) : đọc là 3 aa bất kỳ
Nếu x(3,5) : thì đọc là có từ 3 đến 5 aa bất kỳ
Còn với dấu {...} thì lấy cả cái đống aa ở trong đó theo đúng trật tự.

ủa đâu thấy thực tập di truyền đâu

hôm bữa hỏi thầy Thy 1 câu hại não@@...
Mình hỏi: thầy ơi, em có thắc mắc câu 12 ý 2 trong phần bài tập tổng hợp. Đề bài cho là red mang gen kháng kháng sinh Ampicilin với chiều dài là 800bp, vị trí bắt đầu 500, ngược chiều kim đồng hồ. Thầy cho em hỏi là vị trí bắt đầu của trường hợp này là đầu bằng của mũi tên hay đầu mũi tên của mũi tên@@...Trường hợp 1 là: vị trí bắt đầu ở 500 thì vị trí kết thúc là 500-800-1=-301 (DNAman k nhận giá trị âm nên thay vì ghi -301 thì sẽ ghi là 7191 và khi ghi 7191-500 thì...=.=") và trường hợp 2 là vị trí bắt đầu sẽ là 500+800-1=1299 và vị trí kết thúc là 500 và sẽ như lời thầy giảng trên lớp...vậy nếu như lời thầy giảng trên lớp thì vị trí bắt đầu không phải là 500 mà là 1299...hại não quá thầy ơi:))
Thầy trả lời: chời ơi, e cũng làm a hại não quá ^^ .. si nghĩ chi mà lung tung thế.. thì cho vị trí bắt đầu 500 dài 800, vậy ta cứ tính ra là từ 500 tới 1299 hen... rồi chiều thì ghi số lớn trước số nhỏ sau. Cái mũi tên chỉ là hiển thị trên hình vẽ vậy thôi...chứ trong cái gen, cái plasmid sao mà có mũi tên được... chỉ là 1 đoạn từ nu 500 đến nu 1299 thôi... hehe ... hi vọng câu trả lời đạt yêu cầu
Mình ồ lên 1 tiếng: à hen...@@trong plasmid thì làm gì có điểm đầu và điểm cuối=.="...hình vẽ chỉ cho chúng ta biết vị trí tương đổi giữa các gene thôi...em cảm ơn thầy ^^...câu trả lời quá đạt yêu cầu;))

thằng Tân suolmaster chỉ bậy chỉ bạ

như vậy nè:
Identitive = số bắt cặp giống / chiều dài vùng bắt cặp (La)
Positive = (số bắt cặp giống + số bắt cặp khác nhưng dương (+)) / La

Hôm bữa mình mới gởi mail hỏi thầy cho ví dụ cụ thể về target. Thầy giải thích như vậy :
Ví dụ yêu cầu thiết kế mồi để phát hiện Salmonella, người ta thu nhận tất cả trình tự của Salmonella về rồi tiến hành sắp gióng cột để tìm vùng bảo tồn. Sau đó thu nhận vùng bảo tồn này đưa vào chương trình Primer3Plus để thiết kế mồi. (Chỉ lấy trình tự bảo tồn đưa vào, nên k cần chỉnh thêm thông số included region nhé)
Thêm nữa, trong trường hợp có Salmonella trong mẫu, người ta muốn định danh chính xác chủng nào của Salmonella. Được biết đoạn từ 100 đến 105 trên trình tự bảo tồn đem đi thiết kế mồi, là khác nhau cho từng chủng. (Không phải tất cả các vị trí trong vùng bảo tồn đều bảo tồn 100%, chỉ là vùng này độ bảo tồn cao nên dùng để thiết kế mồi phát hiện, sẽ có một số vị trí vẫn biến đổi. Nên thật sự khi thiết kế mồi phát hiện ra, người ta cũng xem xét lại xem vị trí của mồi có được bảo tồn 100% không, các bài tập ở đây không đề cập vấn đề này)
Nên người ta mong muốn sản phẩm PCR phải chứa đoạn 100-105 này để tiện lợi trong việc định danh chủng. Lúc này chúng ta sẽ dùng thông số target để yêu cầu mồi nằm 2 bên target (không nằm đè lên vì nó k bảo tồn) để sản phẩm PCR chứa target này.

Mọi người có thắc mắc gì hỏi thầy thì đưa lên cho tất cả cùng biết với nhé.hihi

mí bạn cho mình hỏi: cái từ khóa khi mình tìm trên NCBI khi nào mình cho thêm dấu ngoặc kép zi? ví dụ như "2009" hay 2009? "cellulase' hay cellulase? bạn nào bít chỉ mình vs! ^^

Dấu nháy kép ".." chỉ dùng khi bạn cần tìm đúng một cụm từ nào đó thôi, tức là ncbi sẽ hiểu các từ nằm trong dấu ngoặc kép đó sẽ là 1 cụm đúng y như vậy :
VD : "Dengue virus" thì nó hiểu là 2 từ đó sẽ luôn đi cùng nhau, còn nếu chỉ viết Dengue virus thì nó sẽ tìm 2 từ đó ở bất kỳ vị trí nào miễn là có trong bài cần tìm.
Trường hợp chỉ có 1 từ như 2009, cellulase thì không cần nháy kép vì nếu ghi vào cũng sẽ không có ý nghĩa gì cả.

_________________________
I added cool smileys to this message... if you don't see them go to: http://s.exps.me

{...} la lay cac cai khong thuoc trong ngoac.

Thật ra, khi tìm kiếm trên NCBI đối với 1 từ không phải có dấu nháy hay không có dấu nháy là không có khác biệt đâu. Ví dụ trong sách trang 24 đó. Tìm kiếm từ cancer. Nếu chỉ ghi cancer thôi thì nó sẽ tìm luôn cả những từ đồng nghĩa vs cancer, vd như là neoplasms, còn nếu là "cancer" thì nó sẽ tìm chính xác cụm từ cancer, k tìm từ đồng nghĩa. Nhưng thầy nói thường thì khi tìm kiếm 1 từ không có cần dấu nháy. hihi ^^

nói chung là thầy Nam đã quy ước là 1 từ thì không dùng dấu "..." .
trên thực tế mình thấy là như bạn Hồng nói. khi không có dấu "..." , kết quả trả ra thường nhiều hơn ro nó tìm cả các từ đồng nghỉa nữa.

ai biết cái này không . mình viết tên con đó ra , gắn thẻ TI, gắn thẻ Organism thì làm sao ??? tức là muốn tìm con Organism đó mà cái tên con đó nằm ở tiêu đề đó
chỉ ví chỉ ví

dùng AND đi !

Nó nằm ở tiêu đề thì chỉ cần đánh tên con đó rồi gắn thẻ TI thôi, cái thẻ organism chỉ dùng cho phần thông tin loài ở mục nội dung tóm tắt của nó thôi....

KHÔNG HIỂU KHÔNG HIỂU